为了预防苦瓜中生长出虫子，就需要将果园内的落叶落叶集中通过深埋、焚烧、水烫等方法杀死苦瓜内的幼虫。或者使用诱捕剂和诱捕器捕杀雄虫，减少交配源头。喷洒专业的农药可有效预防，对于小片果园，则建议使用套袋预防的方式。
1、人工预防
在苦瓜养殖栽培时，可在果园、菜园中，将脱落的瓜果、叶片、枝条等全部收集并且集中清除处理。可以通过深埋、焚烧、水烫等方法杀死苦瓜内的幼虫，这样就能避免以后再次出现长肉虫的情况。
2、诱杀肉虫
在生长环境中使用专用性诱剂和诱捕器诱杀雄性成虫，雄性成虫被大面积的捕杀后，能够切断繁殖交配的源头，减少虫卵数量，长肉虫的情况也能够得到控制。不过这种方法比较麻烦，还要准备诱捕剂和诱捕器。
3、喷洒药剂
喷洒药剂是最为简单粗暴的防治苦瓜长肉虫的情况。对于在栽培量较大的苦瓜园区，可以使用敌敌畏乳油、晶体敌百虫、高效氯氰菊酯等农药进行稀释后喷洒。通过农药中的成分，将苦瓜中的肉虫虫卵给杀死。
4、套袋预防
套袋预防是比较好的物理防治措施，操作流程就是在苦瓜生长出果实后，对果实进行套袋工作，直接切断苦瓜和外界飞虫联系的途径。这样生长栽培出来的苦瓜患病率低，而且商品价值较高，可是太麻烦了，不适用于大片的苦瓜果园。