一是菌种混杂：非品种化菌种的使用和无根据的“新品种”使用，造成品种不均一性，品种混乱。在菌种继代培养过程中，不同菌株的菌丝体生长在一起，菌丝发生变异，原有菌株性状改变，常常表现产量下降、质量变劣等。
二是发生有害突变：菌种在生长过程中，由于遗传突变、细胞退化、生理代谢改变及其积累而出现不良的细胞群体。一个正常菌株经过多代移植也不会导致遗传性状改变。但是如果一个菌株菌丝细胞中发生有害突变，而且突变体能适应外界环境条件。随着移接次数的增加，有害突变体菌丝细胞群所占比例逐渐增大，该菌株生产性能会随之恶化，退化现象逐渐显现。
三是杂交菌株双亲核比例失调：杂交菌株菌丝体在转管过程中，受到外界环境、营养条件等改变的影响，其中一个亲本核发育正常，且逐渐占据优势，而另一亲本核可能不适应而逐渐减弱，导致双核比例失调，随着转管次数增加，核比例失调逐渐扩大，最终导致在栽培中表现退化。
四是感染病毒：菌种感染病毒后，病毒随菌丝体扩大繁殖而增加，并且通过带毒孢子传给下一代，当菌种携带一定浓度的病毒粒子，在栽培中会表现减产，品质下降等退化现象。
五是不良环境条件：如高温、高湿、通气不良、不适宜氮源、不适宜碳氮比、不适宜pH值等，均可造成菌种退化。
