食用菌原种和栽培种的质量主要从以下3方面进行鉴别：
一是长相均一。凡菌种瓶（袋）中已生长的菌丝逐渐消失，出现被吞噬的斑块或直接发现有螨类活动，表明菌种已遭受螨类污染；凡菌种瓶（袋）中出现红、黄、黑、绿等各色杂菌孢子，瓶（袋）壁出现两种或两种以上明显不同菌丝的大大小小分割区，分割区之间有明显拮抗线，瓶（袋）中散发出各种酸败、发臭等异味，都遭受了霉菌或细菌、酵母菌等杂菌侵染，应予以淘汰，并及时进行深埋或焚烧。
二是凡菌种瓶（袋）表面出现过厚的、致密坚韧的菌皮，菌柱萎缩、脱壁，菌丝出现自溶现象，菌种瓶（袋）底部有大量黄褐色液体沉积，菌种瓶（袋）表面及四周出现过多原基或耳芽，说明菌种老化或退化，不宜使用。
三是严格剔除上述两类不合格菌种后，符合该种食用菌的基本特征，菌丝洁白、粗壮、浓密，且穿透菌种瓶（袋）底部，菌丝生长均匀一致，且有弹性，原种瓶（袋）内有母种块，栽培种瓶（袋）内有原种块，即为合格菌种。
以上只是基本的、初步的鉴别方法，品种质量还要以出菇结果为标准进行检验和鉴别。
