一、育苗肥
保护地栽培的芹菜一般都要经过育苗，然后再定植。营养土的配制可以按体积比用1／2的菜园土与1／2的腐熟或半腐熟堆肥混匀后做营养土，并按重量的2％~3％掺入过磷酸钙。在出苗后30天左有，酌情追施一次低浓度氮肥，每畦追施硫酸铵0.2公斤或腐熟的稀人粪尿。
二、基肥
由于芹菜根系浅，栽培密度大，在定植前整地时一定要施足底肥。每亩施入4000~5000公斤农家肥（或商品有机肥350~400千克），尿素4~5千克、磷酸二铵11~13千克、硫酸钾4~5千克。对于缺硼土壤每亩可施入1~2公斤硼砂。
三、追肥
一般在定植后缓苗期间产追肥，缓苗时植株生长很慢，为了促进新根和叶片的生长，可施一次提苗肥，每亩随水追施10公斤硫酸铵，或腐熟的人粪尿500~600公斤。从新叶大部分展出到收获前植株进入旺盛生长期，叶面积迅速扩大，叶柄迅速伸长，叶柄中薄壁组织增生，芹菜吸肥量大，吸肥速率快，要及时追肥。
第一次每亩追施尿素7~9公斤或硫酸铵15~20公斤，硫酸钾10~15公斤。第一次追肥半月以后，芹菜进入旺盛生长期，细小白根布满地面，叶色鲜绿而发亮，叶面出现一些凸起，这时进行第二次追肥，用量与第一次相同。再过15天左右进行第三次追肥，肥料用量与第一次相同，或视芹菜的生长情况增加或减少肥料用量。
四、根外追肥
芹菜定植后30~60天期间是产品器官形成期，也是养分吸收高峰期，可叶面喷施0.5%尿素或磷酸二氢钾水溶液2~3次。如果土壤中钙、硼养分不足，可用0.3%~0.5%硝酸钙或氯化钙进行叶面喷洒，叶面喷施硼肥可在一定程度上避免茎裂的发生，可以叶面喷施0.1%硼砂或硼酸溶液，以改善芹菜的营养条件，对提高芹菜产量和获得优质商品菜有一定的作用。设施栽培可增施二氧化碳气肥。
五、芹菜施肥注意事项
氮肥和钾肥每次施用量不宜过多（氯与钾肥过多），土壤中氮、钾浓度过高会影响硼、钙的吸收，造成芹菜心叶幼嫩组织变褐，并出现干边，严重时枯死，在灌水不足、土壤干旱和地温低时更加严重。所以要控制氮肥和钾肥的用量，增加硼肥和钙肥的施用，保持土壤湿润，避免土温过低。在植株缺硼时还容易产生茎裂，茎裂多出现在外叶叶柄的内侧。心叶发育时期缺硼，其内侧组织变成褐色，并发生龟裂现象。叶面喷施硼肥可在一定程度上避免茎裂的发生。
