一、发生烂棒的原因
1.菌种选择不当。错误地将在段木上栽培表现良好的菌株，不经过适应性和抗杂菌性试验，盲目地应用于袋料黑木耳上。由于不同菌种对基质、温度、湿度、空气、光照等的适应能力不一样，若不适应环境，会导致发菌缓慢，引起杂菌感染，发生烂棒。
2.季节安排不当。一是春栽黑木耳接种期安排过迟或秋栽黑木耳接种期安排过早，造成养菌期间超温，菌丝体内细胞质营养液流出，受到环境因素的影响，表现吐黄水现象。出现吐黄水的栽培袋，袋内其他菌丝被黏液包围，生理活动受到限制，菌丝逐渐死亡，高温高湿条件下还会引发各种杂菌感染。二是秋栽黑木耳栽培季节安排过迟或春栽黑木耳接种期安排过早，发菌期间气温低于20℃，菌丝生理活性低，发菌缓慢，不能迅速地占领培养料，引起杂菌感染，导致菌棒腐烂。
3.养菌期间管理不当。发菌前期黑木耳菌棒所处的室温较低，引起个别接种穴菌丝死亡，感染杂菌。发菌后期，当气温超过25℃时，没有及时采取通风降温措施，发生烧堆闷菌现象。另外，发菌期间通风不良，不能有效地排出培养室内的一氧化碳和其他有害气体，使菌丝活动受阻、活力下降，引起杂菌感染。
4.耳棚未清理干净或靠近污染源。生产中使用旧耳棚，在采耳过程中培养基、子实体、已受感染的塑料袋及其他污染物未清理干净，耳棚未经过消毒，成了杂菌繁殖的培养基；有的耳棚直接靠近污染源或使用了被污染的水，产生杂菌，引起菌棒腐烂，造成经济损失。
5.出耳期间水分管理不当。在木耳原基形成期，浇水过早，木耳原基未封住划口，水流进或渗入划口内，造成感染。木耳原基分化期，刚形成的子实体原基处于芽孢状态，芽孢因吸水过多而发生细胞破裂，划口处菌丝停止生长而退菌，形成的子实体原基失去菌丝营养供应而停止生长，造成霉菌感染或流耳。
6.耳棚内通风不良。耳棚选址不当，或棚顶、棚周覆盖物太厚或通风不及时等原因，使耳棚内缺氧，一氧化碳和其他有毒气体积聚，木耳菌丝生活力下降，子实体生长缓慢或停止生长，为杂菌繁殖生长提供条件，发生烂耳或流耳现象。
7.采耳过晚。黑木耳采收不及时，子实体老化变薄、失去弹性，不但质量差，而且极易产生霉菌，造成流耳、烂耳现象。
二、应采取的对策
1.选好菌种。选择菌龄在35~45天，发菌良好、菌丝洁白，生长粗壮，抗杂性强、产量高、耳片大、肥厚、颜色深的黑木耳菌种。
2.科学安排栽培季节。黑木耳栽培分春栽和秋栽，秋栽接种期一般安排在8—9月，在气温低于30℃时接种；春栽接种期一般安排在旬平均气温上升到20℃往前推60~65天接种，不同地区应根据海拔高度不同适当提前或推后。
3.适温养菌。黑木耳菌丝在发菌阶段需在完全黑暗的条件下进行，发菌温度为5~36℃（最适温度24~28℃），秋栽黑木耳在发菌的前期和春栽黑木耳在发菌的后期，当气温超过25℃时，每天至少应给培养室通风2~3次，且晴天通风须在早晚进行。另外，春栽黑木耳在发菌前期，当气温低于20℃时，应给培养室加温，使培养室温度保持在22~24℃。
4.管理科学。黑木耳在不同的生长阶段对温、湿度和通风的要求不同，在木耳原基形成期，保持相对湿度在80%左右，并适度通风；在原基分化形成期，珊瑚状耳芽相当幼嫩，保持相对湿度80%~90%，此时如果湿度过大，应立即停止喷水3~5天，耳基稍干后再浇水；在子实体生长阶段，要加大通风，干湿分明，相对湿度保持在90%~95%。
5.适时采收。当子实体耳片充分展开，边缘变薄，耳根收缩、八分成熟时采收。采收时一手握住菌棒，一手捏住耳根，轻轻旋转，不能在菌棒上留有耳蒂，以免引起杂菌感染。