食用菌胞子发芽和菌丝体生长的适宜温度是20～30℃，但不同种有机食用菌在促成子实体分化的温度上，差异较大，大体可分为下列三种类型：（1）低温型：子实体分化温度在24℃以下，适温度在20℃以下。（2）中温型：子实体分化温度在28℃以下，适温度为20～24℃。（3）高温型：子实体分化温度在30℃以上，适温度在24℃以上。
有机食用菌生长发育所需要的水分绝大部分都来自培养料，一般培养料含水量控制在65%左右为宜。子实体生长发育过程中，由于蒸发或采收而使培养料的水分减少。因此，平时必须经常喷水，使菇房中保持一定的空气相对湿度，防止培养料水分的过度蒸发。空气相对湿度可由普通干湿计测定。
有机食用菌在子实体发育阶段要求有较高空气相对湿度，适度的相对湿度是80％～95％，如湿度过低，则会影响子实体的分化和发育，严重者，则子实体不分化，即使已分化的幼菇也会姑死。但菇房湿度也不宜超过96％。否则，不但菇体发育不良，还会滋生病菌。
一般适宜菌丝生长的pH值在3～8之间，适pH值为5.0～5.5。
氧与二氧化碳也是影响食用菌丝生长发育的重要因素，二氧化碳过多，对食用菌生长发育不利，生产上为防止二氧化碳积存过多，菇房内经常需要通风换气，这是食用菌栽培中确保子实体正常发育的一项关键性措施。通风换气能补充菇房内的新鲜空气，排除过多的二氧化碳和其它代谢废气，此外，适当通风不定期能调节空气中的相对湿度，减少病菌的滋生。