1、水稻条斑病防治的关键是无病先防。在水稻移栽期（插秧后20天左右）、孕穗末期（孕穗至抽穗前，和齐穗以后）和台风暴雨后，及时检查防治，遇到暴风雨要及时用药防治，药剂可用：新植霉素3000倍液，或3%金霉素100-500倍液喷雾，或强氯精、或消菌灵。
2、在水稻生长季节要防止灌溉水传病，一般掌握前期浅水勤灌，分蘖末期适当晒田。无论秧田或本田，后期都要避免串灌，注意合理施肥，避免偏施氮肥。
3、不从病区调种，病区应严重控制带菌种子外调，防止病种传播。
4、为了防止稻种带病，在播种前必须经过强氯精300-400倍液浸种24小时处理。强氯精不仅起预防细菌条斑病的作用，还显著减轻和推迟了水稻白叶枯病的危害，或用叶青双、或新植霉素处理稻种也有一定效果。
5、病害常发区选用抗病、耐病品种。晚稻收获后，把收割后的稻草、田边杂草集中进行烧毁，消灭病菌。