水稻植株吸收的肥料量占施用肥料量的百分数称为肥料吸收利用率。水稻肥料的利用率如下：
水稻肥料氮肥的利用率氮素化肥表施的利用率分别为硫酸铵45.4%，尿素34.8%，碳酸氢铵26.8%。施入土壤中氮素的去向可分水稻吸收、土壤残留、损失三部分。氮肥在稻田的损失，一是反硝化过程，损失约10%至15%，可达20%左右；二是施用方法不当，铵态氮通过挥发损失可达5%至50%;三是随水淋失，例如施入稻田的尿素，一般经过两三天水解后转化为铵根离子才能被水稻吸收和土壤胶体吸附，若在24小时内排水，氮素损失量可达10%至20%;四是残留在土壤中的氮除被土壤胶体吸附外，还有10%左右被黏土矿物固定难以释放。
水稻肥料磷肥的利用率磷肥的利用率一般为10%至25%，平均为14%明显低于氮肥，主要是因为施入土壤中的磷很快和土壤中的铁、铝、钙结合成难溶性磷酸盐（称化学固定作用）。这种固定作用也有有利的一面，可以减少淋洗作用引起的损失，被固定的一部分磷素是弱酸溶性，可供第二年作物吸收利用。稻田在淹水条件下有助于磷素的释放，所以水田土壤有效磷的含量都比相应的旱田土壤高。
水稻肥料钾肥的利用率由于土壤黏土矿物类型、水分状况和土壤酸、碱性的影响，土壤对钾的固定量差别很大，一般可在11%至77%之间。钾的固定可以减少淋溶损失，在一定条件下还会重新释放出来，通常是干湿交替作用频繁、pH升高，钾的固定量增加。
土壤中钾的消耗主要是水稻吸收和淋失，而钾的补给主要来自于肥料，降雨带来少量的钾，另外残留于土壤中的根茬补充一定的钾。总的来看，土壤中钾的移动性小于硝态氮而大于磷，所以也有一定的淋失量，水稻肥料中钾的当年利用率一般为50%至60%。