近年来，保护地蔬菜根结线虫为害越来越严重，常使保护地蔬菜严重减产甚至绝收，必须加以重视。但线虫难治，要取得好的效果，必须采取综合措施。
无病区的预防
严禁带病虫的种苗进入生产棚；严格控制人为传播和生产工具传播，在生产园区路口设生石灰池，每个温室门口也要设生石灰池。人进入棚区和棚室前清除脚底泥土，并脚踩生石灰进行消毒灭虫，避免鞋底带虫体进入。由于生产工具经常带有病虫的泥土，因此最好每个生产棚有专用的工具，或在使用时把泥土刮干净并用生石灰或药液进行消毒灭虫；及时清理田间病残体并及时销毁；避免有病区的雨水流入无病区。
有病区的防治
农业防治：收获后田间彻底清除病残株，集中烧毁或深埋，也可用以沤肥，切记一定要充分腐熟；选用无虫土育苗，移栽时剔除带虫苗或将“根瘤”去掉；根结线虫大多在0～25厘米土壤活动，将表土翻至25厘米以下，施用充分腐熟的有机肥、菌渣、沼渣、沼液等；选用高抗根结线虫的砧木嫁接；采取与水稻或葱、蒜类蔬菜轮作；采用无土栽培。
利用高温抑虫：利用棚室休闲季节，在6月底至7月下旬天气最热的几天，在棚内撒施石灰氮（亩用量80公斤。如果是粉剂，可加干净细土，以保证撒匀)，然后撒施铡成小段的麦秸或玉米等秸秆(600～1000公斤)，也可每亩施用鸡粪250～300公斤，加麦秸或玉米等秸秆(600～1000公斤)，再加碳酸氢铵60公斤，旋耕深为18～22厘米，翻耕两遍，接着起垄(垄高30厘米，垄宽50～60厘米，垄沟宽40～50厘米)，然后用透明地膜或无破损旧膜将土壤表面完全密封，以减少水分散失，提高温度，再灌水两遍。薄膜一定要盖严，水一定要灌足，以提高防治效果。然后将保护地完全封闭。如果20厘米地温在40℃(测量地温以上午10点和晚上10点为准)，那么保持7天即可。但一般达不到这么高温度，所以必须密闭25天以上。
药剂防治：用线虫毕克或克线宝适量与种子混拌均匀，堆捂2～3小时，阴干后播种。也可用线虫毕克每亩200克与5公斤细土混合均匀后加水调成稀糊状，或克线宝稀释150～200倍，移栽幼苗时蘸根使用。还可用线虫毕克每亩200克与细土、麦麸、米糠等混合，移栽时穴施。