蔬菜地经常施用化肥有诸多害处，既影响蔬菜品质，又会对土壤造成损害。因此，应尽量减少化肥的用量，做到与有机肥料配合施用。
化肥污染蔬菜长期施用化肥的蔬菜，特别是氮肥过量所生产的氮肥蔬菜，其茎叶等可食部分，均被硝酸盐严重污染，会使蔬菜中的硝酸盐含量成倍增加，硝酸盐在人体中容易被还原为亚硝酸盐，亚硝酸盐是一种剧毒物质，它能引起人体细胞缺氧。长期食用这种蔬菜，会造成儿童智力下降，并能诱发癌症，危害极大。因此，在一些发达国家现已明文规定，氮肥蔬菜禁止上市，以切实保证消费者的利益。
蔬菜难以保存全靠化肥生产出来的鲜嫩蔬菜，看起来茎嫩叶肥，不知情者以为质量上乘，其实这种蔬菜硝酸盐含量超标，在堆放储存过程中也容易发霉变质，使有毒物质的含量增加。据测定，在冬春贮藏过程中，施用过氮肥的白菜比施农家肥的白菜腐烂损坏率高20%以上，硝酸盐含量也成倍增加。
土壤结构遭到破坏蔬菜土壤长期施用硫酸铵、硫酸钾以及含氮的化肥，会破坏土壤结构，使土壤板结，失去柔性和弹性，降低通水透气性能。长期施用化肥，土壤胶体上的钙离子不断被交换出来，在雨水和灌溉水的淋洗下，硫酸铵、氯化钙被淋洗到土壤下层，造成耕作层缺钙，破坏土壤结构，使土壤变得板结，肥力下降，蔬菜长势差，降低产量。因为良好的土壤结构，除含有大量有机质外，一般都富含钙元素，缺钙的土壤结构再好，也是不固定的，易遭到破坏，只有含有一定钙质的土壤，其钙质水稳性团粒结构，才是最理想的土壤，能生产出高产质优的蔬菜。
造成土壤的酸化危害硫酸铵、氯化铵、氯化钾、过磷酸钙等酸性化肥在连年大量施用蔬菜地后，会使土壤中残留大量的酸类物质，使中性土壤变酸，酸性土壤更加酸化，既破坏了土壤微生物区系，又不利于大多数蔬菜的正常生长。长期施用化肥，尤其是连年多次施用硫酸铵、硫酸钾、氯化钾等，只能增加土壤中的硫酸根离子和氯离子的含量，而这两种离子对土壤来说都是有害的离子，不但有害于蔬菜生长，还会使土壤产生次生盐渍化，破坏土壤的结构，影响蔬菜对其他营养元素的吸收。蔬菜地长期过量施用化肥，不仅会对蔬菜造成危害，还会妨碍蔬菜对其他营养元素的吸收，引起缺素症。例如，过量施用含氮化肥会引起蔬菜的缺钙症；硝态氮过多会引起缺钼；钾过多会降低钙、镁、硼的有效性；磷过多会降低钙、锌、硼的有效性等。
因此，蔬菜地应最大限度地施用有机肥或其他非化学氮肥，替代化学氮肥，在不影响蔬菜正常生长发育的前提下，尽量以圈肥、鸡粪等有机肥和各种饼肥，如棉籽饼、菜籽饼、豆饼、生物菌肥等非化学类肥料，代替化学氮肥，以防止蔬菜污染，减少化学肥料的残留和对土壤造成的污染和破坏作用。