一、及时清除菜园残株、残叶及杂草，处理虫害残体。合理布局瓜菜品种，间作套种美洲斑潜蝇非寄主植物或不易感虫的苦瓜、葱、蒜等。
二、大棚苦瓜可以往棚内释放姬小蜂、潜蝇茧蜂等寄生蜂对斑潜蝇防治率较高。
三、在苦瓜大棚内每隔2米吊1片黄板(规格20厘米×2厘米)于作物叶片顶端略高10厘米处，黄板上涂凡士林和林丹粉的混合物诱杀成虫。
四、在苦瓜苗期2-4片叶或1片叶上有3-5头幼虫时，于上午8点半至11点进行喷药防治。喷药于露水未干前进行，可选用52.25%农地乐乳油，或48%毒死蜱乳油，或1.8%虫螨克乳油，或0.9%爱福丁乳油和4.5%高效氯氢菊酯，以及生物农药Bt。
五、在美洲斑潜蝇越冬代成虫羽化盛期，用诱杀剂点喷部分植株，可用甘薯或胡萝卜煮液为诱饵，以0.05%敌百虫可湿性粉剂为毒剂制成。每隔5天点喷1次，共喷5-6次。
六、在始见幼虫潜蛀的隧道时，用威敌内吸杀虫剂或48%毒死蜱乳油，每隔7-10天喷1次，共喷2-3次，可杀死潜伏在叶片内的幼虫。