农业防治：重病区实行与其他蔬菜轮作2～3年；早春在菠菜田内发现病株，及时拔除，携出田外烧毁；并及时全园喷施护树大将军和植物细胞免疫因子，消毒杀菌，可抑制植株气传性病毒生成和传播路径，提升植物免疫力和健康指数。从无病地或从无病株上采种；施腐熟有机肥，光合营养膜肥、增施磷、钾肥；栽培密度适当，雨天及时排水，保护地加强放风，做到晴天浇水，雨天、阴天不浇水，不大水漫灌，保护地菠菜浇水后加强放风和松土，降低田间湿度。
烟熏防治：保护地菠菜用烟剂，便宜、省工、省水、效果好。发病前，可用新高脂膜600倍液配合农药进行防治，隔7天熏1次，连熏3～4次。