1、拌种先将种子表面用水喷潮湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥即可播种。
2、育秧床式或盘式育苗时，可将菌肥拌入育苗土中堆置3天后，再做成苗床或装入育苗盘；营养钵育苗时，先将菌肥均匀拌入营养土中，再做成营养钵。
3、穴施先将菌肥与湿润的细土拌均匀，施在移栽或插秧的穴内，然后移栽幼苗或插秧覆土。
4、蘸根将菌肥加一些细土，加适量的水拌成泥浆，将移栽秧或扦插苗在泥浆中浸数分钟，然后带浆移栽秧苗或扦插。
5、追施将菌肥配成菌肥水溶液，浇灌在作物行间或果树周围的浅沟内，浇完后即覆土。
6、喷施有些液体菌肥，可作叶面肥施用，方法是加水100倍后充分混匀，喷洒在叶片的正反面即可。