1、茬口选择。选择土壤肥沃，保肥保水性能好，排灌方便的浅水藕田、春玉米田、早大豆田等茬口。
2、施肥整地。播种前7-10天，每亩施优质有机肥2000-2500公斤或饼肥100-150公斤以上，然后进行深耕上水沤制，耕翻次数越多，翻得越深，沤制时间越长，越容易获得高产。在最后一次耕翻整地时亩施三元素复合肥50-75公斤以上，达到田面平整。光烂，四周筑好高田埂（高度在50厘米以上），灌上薄水层。
3、选种催芽。于8月中下旬将种芹茎杆用稻草捆好，每捆扎2-3道，粗20-30厘米。捆扎后，将种茎横一层、竖一层，交叉地堆放在不见太阳的树荫下或屋后北墙根，上面盖上稻草或其它水草，没有自然条件的，可用遮阳网遮阴。每天上午9时前，下午4时后各浇清水一次，保持湿润，防止发热。在凉爽、通气、湿润的情况下，约经7天左右，各节的叶腋长出1-2厘米的嫩芽。同时生根。这样发芽、生根的种茎即可播种，撒摇可切成长度30-40厘米左右。排种的可切成60厘米左右。
4、浅水排种。水芹菜的适宜播种期在9月上旬，过迟不利于高产，要想夺取高产，排种是基础，催芽后的种茎即可排种，排种的方法是，将催芽的种茎，茎部端朝田埂，梢端向田中间，芽头向上。排种时还要注意以下几点：一是要保证密度，排种的间距通常在6-8厘米；一般每亩用种量200-250公斤。二是田面要平整，以利长芽生根，从而达到生长一致。这一阶段最忌田面高低不平，高处干旱，不利扎根和长芽；低处积水，太阳晒热浅水烫坏嫩芽，待长成幼苗以后，逐步加深水层。
5、追肥治虫。在幼苗长到2-3张叶片时，开始追肥，促进植株尽快旺长，以后每隔7-10天追肥一次，每次每亩用尿素10-15公斤。发现蚜虫，及时用蚜虱净喷雾防治或深水（4小时左右）灭蚜。
6、水层管理。排种后待水芹菜充分扎根生长时可以排干田水，轻搁一次，以后要逐步加深水层，初期5-10厘米。以后水层在30厘米，保持植株露出水面15厘米左右，入冬以后，水芹菜停止生长，主要以灌水保暖，防止受冻。
7、匀苗深埋。当苗高达25厘米左右时，结合清除杂草和混合肥料，进行田间整理，一是移密补稀，使田间分布均匀；二是捺高提低，使田间群体生长整齐，高矮一致。同时，可采用深埋入土的办法进行软化，提高水芹的品质。具体办法：于11月上中旬，株高25-30厘米以上，用两手将所有的植株采挖起来，就地深栽一次，每穴10-15株。入土深度视株高而定，地上部留10多厘米。其余全部栽入烂泥中。使其在缺光的条件下逐渐软化变白。在深埋时，两手五指伸开夹住植株根部直插入土，要求不歪不卷根，这是提高水芹菜品质、食用价值和打进苏南等城市大市场的重要措施。但是，在土质不烂的田块是，这种办法就很难实施，同时，这种田块的产量也不会太高。
8、适时采收。采收时间和标准在不同地区而不同，不需进行深埋软化的地区，在11月中下旬就可以上市，经过深埋软化的上市时间适当推迟，同时可根据市场需求，价格较高时上市，尤其应在元旦、春节两大节日大量上市。