近年来，随着大白菜制种面积的不断扩大，除病虫害影响其制种产量外，冻害、旱灾、风灾等自然灾害已成为制约产量关键因素，严重时可造成大面积减产或绝收。
一、冻害
对成株或半成株采种田，早春冻害发生在白菜抽薹期，将花冻死，或将花薹冻折，造成减产。冬季冻害发生在储藏期，造成母根腐烂失去制种价值。对春播小株采种田，苗期冻害将秧苗冻死，减产或绝产；由于温度过低，导致秧苗春化过度，抽薹晚。抽薹期冻伤主茎和生长点，影响整株营养体生长。成株采种法在抽薹期生产田每隔20m-30m（米）设立一道风障；低温来临时夜间熏烟保护。选择保温的地窖、经常检查窖内温度、遇到低温采取加热措施，防治储藏期冻害。半成株和小株采种法：苗期入冬前加盖地膜和浇一遍防冻水，春播小株采种田可在苗子上覆盖一层麦秸或培一层薄土防冻。抽薹期，同成株采种法。
二、旱灾
春旱：影响根、叶片生长；抽薹延迟；影响授粉，造成空荚瘪粒，影响产量。秋旱：影响母株生长，影响种子产量，易造成秧苗死亡。对春早选择有水源地块、采用地膜覆盖栽培等，合理使用水源，一般在抽薹期少浇水，开花期不断水，保持地面见干见湿，结籽后少浇水。秋旱发生在成株采种田，应在莲座期、包心期及时利用水源，配合追肥，促进大白菜长成健壮植株。
三、风灾
风灾主要发生在春季，造成棚膜损坏，将大田植株刮倒，造成管理困难，容易引发病虫害，后期炸荚，影响产量。选择风害少，地势平坦的地块；在植株长到70公分告示以后，在畦子两端栽木桩，木桩上拉绳，防止倒伏。