软腐病和根腐病是食用菌生产中比较多见的一种真菌病害，软腐病也叫绵腐病、腐烂病，葡枝霉病，蛛网病、湿腐病等；而根腐病又叫基腐病、灰霉病等。
软腐病病原菌为树枝状轮指孢霉菌，属于半知菌亚门、丛梗孢目、葡枝霉属；而根腐病病原菌为瓶梗青霉菌，属于半知菌亚门、丛梗孢科。
基腐病病害主要发生在菌柄基部，在子实体生长阶段，菌柄基部变黑褐色至黑色腐烂，基部腐烂后子实体倒伏。幼菇丛发病虽不倒伏，但不能继续生长发育，最后死亡。
软腐病在染病初期，先在出菇面上形成白色菌皮，似金针菇气生菌丝状，后渐渐侵染子实体基部，使之呈水渍状褐色斑点或斑块，病菌逐渐上移，使菌盖表面形成不规则褐色病斑，最后感染菇体，使之基部变软，发生群体性倒伏并腐烂，病菇上随即有白色絮状菌丝物覆盖或包围。
二者发病症状相仿，仅病原菌不同，该病可侵染蘑菇、平菇金针菇，银耳等。
发生条件：其病原菌都属土壤习居真菌，由空气、覆土、水滴、人体、昆虫传布。10`C左右即可发生危害，尤其在初春季节，气温逐渐升高，相对通气不良时，发生速度随之加重。它多发生在棉籽壳生料栽培的菇床上和第二潮后的菇体上，以及生长阶段培养料含水量过高，床面长时间有积水，加之长时间覆盖塑料薄膜，通风不良，湿度过大，均利于该病的发生。
防治措施：
1、控制菇棚空气湿度在85%以下，不利病害的发生。
2、菇房在使用前，应喷洒1：1000倍的疣霉净药液或1：50倍的金星消毒液，彻底杀灭菇房内病原菌。
3、子实体生长阶段控制用水量，经常清除床面积水。
4、发菌及出菇期间，间隔5-7天对地面、墙体及通风口、进出口等喷洒1：800倍的疣霉净或1：50倍的金星消毒液
5、发病后，要及时清除病菇，然后喷洒1：500倍疣霉净，可有效控制其病菌扩展。