无公害蔬菜生产允许施用的肥料有有机肥料（粪尿肥、堆沤肥、绿肥、饼肥、草木灰、腐植酸肥料、秸秆）、无机肥料（硫酸铵、碳酸氢铵、尿素、过磷酸钙、钙镁磷肥、磷酸二铵、硫酸钾、钾镁肥、硼酸、硫酸锰、硫酸亚铁、硫酸锌等）、其他肥料（以有机和无机肥料为原料制成的有机无机复混肥料、符合GB15063-1994并正式登记的复混肥料、国家正式登记的不含化学合成调节剂的新型肥料和生物肥料），其施用原则是：
一、以符合GB13/311标准和不造成土壤环境污染为原则。
二、以有机肥为主，化肥为辅，有机氮和无机氮之比不低于1:1。
三、以土壤养分测定分析结果和蔬菜作物需肥规律为基础确定肥料施用量；最高无机氮素养分施用限量为每1/15公顷15千克，中等肥力以上土壤磷钾肥施用量以维持土壤养分平衡为准；在高肥力土壤有效磷80毫克/千克以上，速效钾180毫克/千克以上时，当季不施无机磷钾肥。
四、忌氯作物禁止施用含氯化肥；叶菜类、根菜类蔬菜不得施入硝态氮肥。
五、根据蔬菜生长发育的营养特点和土壤、植株营养诊断进行追肥。选择适宜的追肥肥料类型、用量和追肥时期。对于一次性收获的蔬菜，特别是叶类类，收获前20天内不得追肥施氮肥。对于连续结果的蔬菜，追肥次数不要超过3-5次。