农用柴油机一般为水冷却方式，往往直接使用河水、井水，时间一长水冷箱内便会结集大量的矿物质水垢。水垢会严重影响柴油机的散热，导致机器温度过高，使各零部件工作条件恶化、磨损加剧、功率下降，甚至酿成粘缸、烧瓦、抱轴等恶性事故。
怎样清洗柴油机的水箱呢？一般情况下，按如下步骤操作即可：
第一步，启动柴油机，中速运转，让水温升到50℃以上时熄火，将水箱中的冷却水放尽。
第二步，取40斤水，加入3斤烧碱、1斤煤油，配制成清洗液，搅匀后注入水箱。
第三步，启动柴油机，中速运转5-10分钟，停车静置10小时。
第四步，再次启动，控制油门使转速时快时慢，振动会使水垢逐渐剥离水箱壁悬浮到水中。如此运转5-10分钟后，放净清洗液。
第五步，将清水加入水箱，启动柴油机，中速运转5分钟后放尽清洗水；如此重复2-3次。