农机安全事故发生的主要原因包括人为因素、机械故障和自然环境。人为因素主要体现在机手操作不规范、缺乏安全意识、麻弊大意、疲劳驾驶和酒后驾驶。机械故障则涉及农机具部件不合格、机械需要改善保养以及农机具保养差。此外,自然环境也可能对农机安全造成影响。