拖拉机变速箱的油封泄漏是一个常见的问题。变速箱内部有许多油封，它们的作用是防止润滑油外泄。然而，由于长时间使用或者油封老化，这些油封可能会发生损坏，导致润滑油泄漏。这不仅会降低变速箱的润滑效果，还可能导致变速箱过热，甚至造成变速箱内部零件的损坏。
拖拉机变速箱的齿轮磨损也是常见的故障之一。变速箱内部的齿轮在长时间使用过程中，会因为摩擦和磨损而导致表面变得粗糙。这会导致齿轮啮合不良，使得变速器的换挡不流畅，甚至产生异响或者振动。如果不及时处理，齿轮磨损可能会导致变速箱完全失效。
另外，拖拉机变速箱的电控系统故障也比较常见。现代化的拖拉机通常会配备电子控制系统，用于实现变速箱的换挡控制。然而，由于电路故障、传感器故障或者控制单元故障等原因，电控系统可能会出现问题。这会导致变速器无法正常换挡，甚至无法工作。
此外，拖拉机变速箱的离合器故障也是常见的问题。离合器在拖拉机的起步和换挡过程中起到重要作用。然而，长时间使用、不正确操作或者离合器部件磨损等原因，离合器可能会出现故障，导致变速器无法顺利换挡或者启动。