作业环境是影响联合收割机粮仓内粮食清洁度的重要因素之一。在农田中，由于土壤和作物的湿度，往往会出现泥土、杂草和其他杂质混入粮食中。尤其是在雨后或者土壤潮湿的情况下，联合收割机容易将泥土带入粮仓内，降低粮食的清洁度。
机械故障也是造成联合收割机粮仓内粮食清洁度差的原因之一。联合收割机在作业过程中，可能会出现部件磨损、机械故障或者机件松动等问题。这些故障会导致收割机不能正常清理杂草和其他杂质，使之混入粮仓内，从而影响粮食的清洁度。
此外，操作不当也可能导致联合收割机粮仓内粮食清洁度差。操作人员在收割机的运行和维护过程中，需要熟练掌握正确的操作方法和技巧。如果操作人员在清理和维护收割机时不细心，或者不按照操作手册的规定进行操作，都可能导致粮食清洁度下降。例如，清理杂草时未彻底清除残留的杂质，或者在维修和更换部件时出现错误操作，都会导致粮仓内的清洁度差。