农机合作社的组织架构是重要的基础。合作社应明确成员的身份和权益，建立成员大会、理事会或监事会等机构，并明确各机构的职责和权限。此外，还需要规定成员加入和退出的条件和程序，以及成员权益的保护措施，确保合作社的组织结构健全和成员权益的平等。
农机合作社的决策机制也需要规范。合作社应建立决策机制，明确重大事项的决策程序和权力划分，确保决策过程的公开透明和民主参与。此外，还需要规定合作社内部的决策程序，包括议题提出、讨论和表决等环节，以确保决策的科学合理性和合作社成员的参与度。
另外，农机合作社的经营管理也需要一系列的规章制度来保证。合作社应建立健全的财务管理制度，明确资金的使用和管理流程，规范合作社的财务报告和审计程序，以确保合作社的财务透明和财务稳定。同时，还需要制定农机使用和维护的规章制度，明确农机的使用条件、使用责任和维修保养等事项，保证农机的正常运行和延长使用寿命。
此外，农机合作社还需要相关的劳动管理制度。合作社应建立工作岗位和岗位职责，明确工作时间和休假制度，规范工作纪律和奖惩机制，确保成员的工作积极性和合作社的运营效率。