使用粉碎机粉碎土样可能会引入外界污染物。在土壤样品收集和处理过程中，可能会受到环境中的污染物的污染，如灰尘、颗粒物等。当将土样放入粉碎机中进行粉碎时，这些污染物可能会被搅拌和释放到土样中，从而对化验数据产生影响。因此，在使用粉碎机粉碎土样之前，应尽量保持实验室环境的清洁，并采取适当的措施来防止污染物的进入。
粉碎机的使用可能会导致土样的颗粒大小分布变化。不同的粉碎机对土样的粉碎程度有所不同，如果粉碎过程中过度或不足，可能会导致土样颗粒大小分布不均匀。这可能会对土壤性质和化验数据的解释产生一定的影响。因此，在使用粉碎机时，应根据实验的需要和研究目的选择合适的粉碎程度，并保持一致性。
此外，粉碎机的使用可能会引起样品中水分的变化。粉碎过程中，土样可能会通过研磨和搅拌导致水分的蒸发或吸附。由于土壤中的水分含量对化验数据有重要影响，因此，必须谨慎处理样品的水分变化。在使用粉碎机粉碎土样之前，应按照标准方法进行土样的湿润处理，并尽量避免过长时间的粉碎，以减少水分的变化。