使用不当是导致拖拉机变速箱异响的常见原因之一。如果长时间在高速或者重载的情况下使用拖拉机，会导致变速箱内的润滑油温度升高，从而减少了润滑效果，使得齿轮和轴承磨损加剧，产生噪音。此外，操作不规范也会造成车辆的冲击和振动，进而导致变速箱内部部件受损，出现异响。
变速箱内部部件的磨损和老化也是拖拉机变速箱异响的重要原因之一。随着使用时间的增加，变速箱内的齿轮、轴承和同步器等部件会因磨损而产生间隙，从而导致噪音的产生。尤其是变速箱油封老化或损坏，会导致润滑油泄漏，使得润滑效果下降，加剧了部件的磨损程度，进一步增加了异响的可能性。
另外，零部件的材料质量和制造工艺也会对拖拉机变速箱的异响产生影响。如果零部件的材料不达标或者制造工艺不精密，会导致部件的质量不稳定，容易产生异响。例如，齿轮的制造精度不高或者安装不牢固，会产生齿合不平稳的噪音。
外部因素也可能导致拖拉机变速箱异响。例如，道路不平整或者在恶劣的工作环境中使用拖拉机，会增加车辆的振动和冲击，进而导致变速箱部件受损和产生异响。