柴油机在低工况下运转时间过长会导致燃烧不充分。柴油机在低负荷运行时，燃料的喷射量减少，燃烧室内的空气过剩，从而降低了燃烧效率。燃烧不充分会导致燃烧产物中的未燃烧碳颗粒和有害气体增加，例如颗粒物和氮氧化物的排放量将显著增加，对环境造成污染。
长时间低负荷运行将导致柴油机燃烧室内温度过低。柴油机燃烧室内的温度对燃烧过程起着关键作用。当柴油机在低负荷情况下运转时间过长时，燃烧室内的温度很低，这会导致燃烧室内的积碳增加。积碳会降低喷油嘴的喷射效果，影响燃烧室内的燃烧质量，最终导致柴油机的性能下降。
另外，长时间低负荷运行还会导致柴油机冷却系统效果不佳。柴油机冷却系统是保持发动机正常运行的关键部件。在低负荷情况下运转时间过长，冷却系统的冷却液温度过低，无法有效降低发动机的温度。这将导致冷却系统的散热效果不佳，造成发动机过热，损坏发动机的部件，甚至导致发动机过热故障。
长时间低负荷运行还会加剧柴油机的磨损。在低工况下运转时间过长，柴油机的负荷较低，润滑油在润滑部件上形成的油膜薄，无法有效减少部件之间的摩擦和磨损。这将导致柴油机的磨损加剧，缩短柴油机的使用寿命。