操作不当也是造成免耕指夹式精量施肥播种机掉链子的常见原因之一。操作者没有正确调整机器的工作参数，例如播种深度、种子排放量等，会导致链条滑动不稳定，从而引发掉链子的现象。此外，如果操作者对机器的维护保养不到位，例如没有及时加油、清洗或更换磨损的零部件，也会导致机器出现故障，包括掉链子。
另外，环境因素也会对免耕指夹式精量施肥播种机的正常运行产生影响。例如，土壤湿度过高或过低都会增加机器掉链子的风险。湿度过高会导致土壤黏性增加，链条容易被粘住；而湿度过低则会使土壤干燥，链条易于断裂。此外，如果作业场地不平整或者存在过多杂草，都会增加机器掉链子的可能性。