化学防治：在线虫浸染而又无抗病品种的地区，应用化学药剂防治大豆胞囊线虫确有效果，目前常用的有8%甲多种衣剂，药种比例为1∶75进行种子包衣处理；种衣剂26-1，防效可达68.7%，另外，还有5%甲基异硫磷等都能有效地防治大豆胞囊线虫病。因农药对环境有污染，应尽量减少使用量。生物防治：应用生物防治剂如大豆保根菌剂进行防治。大豆保根菌剂是中国农业科学院生物防治研究所研制的最新成果。利用寄生在胞囊线虫雌虫上致病真菌达到杀灭线虫的目的。如草酸青霉菌、茄病镰刀菌等菌系制造的菌剂，对防治大豆胞囊线虫有较好的效果，同时兼防大豆根腐病。
（1）大豆抱囊线虫寄主范围广、为害重、传播途径多、存活时间长，是一种极难防治的土传病害，应轮作倒茬，与禾谷类作物轮作3年以上；增施有机肥，提高土壤肥力，促进大豆健壮生长；适时灌水，提高土壤湿度，土壤干早有利于大豆孢囊线虫为害，用2%阿维菌素乳油1500倍液，或40%甲基异柳磷乳油1000倍液。（2）药剂拌种，可用大豆根保剂（6亿/毫升液剂），亩用100ml拌种；对发病田块及时用3%米乐尔颗粒剂，每亩4kg沟施或穴施，或35%乙基硫环磷乳油按种子量的0.5%拌种。
大豆胞囊线虫病防治，选用抗耐病品种，清除病残体，倒茬轮作，合理密植，加强肥水管理，用阿维菌素进行土壤消毒，发病初期用甲维盐等农药喷施防治。
1、选用适合当地的抗病品种。2、与禾本科植物实行轮作，可基本消灭这一病害。3、对于无病田，应严禁经虫的传入。通过种子检验，严防与杜绝机械作业等传播线虫。4、加强营养，提高抗病性。施足基肥和种肥，早施追肥与叶面肥。5、化学药剂防治:①种衣剂拌种，一般含有呋喃丹成分。②土壤施药，3%呋喃丹颗粒处理土壤。一般每公顷呋喃丹颗粒剂150-180千克。6、生物防治。大豆保根菌剂每公顷所需大豆种子用液1500-2250ml拌种，以高剂量防效更好。也可每公顷1050千克与种肥混施。另外用豆丰1号生防颗粒剂，每公顷75-150千克，与种肥混施。