应采取以消灭初侵染源为主的综合防治措施防治方法:①避免大豆连作或与向日葵油菜轮作或邻作与禾本科作物轮作一年以上有明显效果②病田收获后应深翻，将表土层的菌核翻入土中;及时清除或烧毁残茎以减少菌源大豆封垄前及时中耕培土，防止菌核萌芽出土或形成子囊盘注意排淤治涝，平整土地，防止积水和水流传播。
1.病区必须避免大豆连作或与向日葵、油菜轮作或邻作。与禾本科作物轮作一年以上即有明显效果。2.病田收获后应深翻，大豆封垄前及时中耕培土，注意排淤治涝。3.清除种子中混杂的菌核。
大豆菌核病属于真菌病害，用杀真菌药喷雾即可。