主要为害茎基部和根部,初期表现为水浸状褐色斑,然后扩展至绕茎一周,生出白色绢状菌丝体,集结成束向茎上呈辐射状延伸,顶端整齐,病健部分界明显,病部以上叶片迅速萎蔫,叶色变黄,后根茎部褐腐,全株枯死。后期在根茎部生出先白色、后茶褐色菜籽状小菌核,高湿时病根部产生稀疏白色菌丝体,扩展到根际土表,也产生褐色小菌核。辣椒白绢病又叫辣椒南方疫病,在发病初期叶片不变化,后逐渐变黄。茎基部皮层组织暗褐色,近土层处开始腐烂。茎基部发病常有肉眼可见的白菌丝状体。植株基部土层也可见。后期,菌丝垫土出现白菜籽大小的由浅黄转褐的小菌核,与土壤相接触的果实和枝条也可受到感染。