斑潜蝇已对阿维菌素产生较为严重的抗性，当前最好的药剂为灭蝇胺。
1、农业防治。清除病叶和残株。在韭菜生长期，发现有被幼虫蛀食的叶子，应带出田外深理；韭菜收获后，清理残株落叶，沤肥或烧毁，可减少虫源，并深翻土壤，冬季冻死越冬蛹。2、化学防治。成虫盛期喷洒25％喹硫磷乳油1000倍，20％速灭杀丁1000倍，7.5％鱼藤氰乳油1000倍，10％烟碱乳油800倍均能起到较好的防效。
防治葱斑潜蝇的方法主要有农业防治法和农药防治法。农业防治法主要是清洁田园，在前茬米收后及时、彻底地清除残枝落叶；施用腐熟有机肥；深翻，冬灌，消灭虫源农药防治法主要在成虫产卵前喷或2。5%溴氰菊酯乳油500倍液，或40%乐果乳油1000-1500倍液，或21%氰戊马拉松（增效）乳油6000倍液，或80%敌敌畏乳油1000倍液，或5%氟虫脲乳油2000倍液，或48%毒死蜱乳油1000倍液，或10%虫蜗腈悬浮剂3000倍液，每7-10天1次，共喷3次为避免害虫产生抗药性各种药剂轮换使用。