菠菜出苗后不久，病菌侵入植株近地面部，造成缢缩猝倒或子叶卷曲成线状死亡。
①种子、插穗消毒。播种前，种子可用种子重量0．3%的退菌特或种子重量0．1%的粉锈宁拌种，或用80%的402抗菌剂乳油2000倍液浸种5小时；插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插。②苗床土壤消毒，每平方米用50%多菌灵1.5克撒于地表翻入土中，或用75%五氯硝基苯3克均有良效，且可兼治猝倒病、立枯病。③药剂防治。发病时，可用病菌克1500倍液喷雾或浇灌病株；或80%的402乳油1500倍液灌根。并及时防治地下害虫和线虫的危害。
选用抗性品种，加强水肥管理，必要时药物防治。
菠菜根腐病为真菌性病害。菠菜出苗后不久，病菌侵入植株近地面部，造成缢缩猝倒或子叶卷曲成线状死亡。连作地发病重。防治应将畦面做成半圆形，以利于排水；多雨地区搭拱棚覆盖塑料薄膜栽培，以减轻病害发生。药剂防治可选用98%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、64%杀毒矾M8可湿性粉剂600倍液、72．2%普力克水剂600～800倍液、69%安克可湿性粉剂3000倍液、80%山德生可湿性粉剂600～800倍液、1．5%多抗霉素可湿性粉剂150～200倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液等喷雾，每7～10天一次，连续防治2～3次。