秸秆还田如果时间过短，容易造成秸秆未发酵，产生病虫害。秸秆还田的弊端是影响出苗，加重病虫危害。农民多施肥，加重负担。秸秆还田处置不好，影响整地打垄质量，保墒不好，影响春播，不能适时早播，播种质量不好。秸秆还田时间过短不利于次年播种，加重病虫害。秸秆还田的缺点包括：由于秸秆还田量过大或不均匀易发生土壤微生物与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象；秸秆翻压还田后，使土壤变得过松，孔隙大小比例不均、大孔隙过多，导致跑风，土壤与种子不能紧密接触，影响种子发芽生长；秸秆中的虫卵、带菌体等一些病虫害，在秸秆直接粉碎过程中无法杀死，还田后留在土壤里，病虫害直接发生或者越冬来年发生。
