水稻浸种是预防水稻恶苗病最有效的措施之一，多年种植过水稻的农户都明白，水稻恶苗病，以防为主，预防重点就是药剂浸种，一旦发生后，很难防治，浸种药剂主要是咪鲜胺水乳剂（也有用氰烯菌酯、福美双、多菌灵，不过咪鲜胺使用较多），浸种时，用药量和用水量要根据使用说明，不要过量，浸种时间建议在60小时以上（和温度有较大关系，根据温度可适当调整）。
预防恶苗病：，用咪鲜胺或氰烯菌酯浸千种7天左右。
强氯精消毒方法：10克强氯精加3.5公斤水浸3公斤种子，浸后反复冲洗种子，彻底去掉药味再行催芽。
水稻恶苗防治最主要的是选用高产抗病品种和无病种子。在移栽时杜绝带病残体入田，发现病株及时拔除并集中烧毁或深埋，均可减少发病。在挑选种子时，用25%施宝克5000倍液或浸种灵4000倍液浸泡60个小时。
预防水稻恶苗病用使百克或浸种灵，药液淹没稻种，不搅拌，浸种72小时。
子处理是防治水稻恶苗病的有效方法。用25%施宝克5000倍液，或浸种灵4000倍液，或健秧宝4000倍液，或25%辉丰百克4000倍液等浸种，浸种60小时后不必淘洗，即可催芽播种，防效均在95%以上。
水稻恶苗病一旦发病很难控制，此病以预防为主。