危害棉花苗期的主要虫害有地老虎、金针虫、金龟子（蛴螬)、蝼蛄等地下害虫以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马、棉盲蝽等危害叶片的害虫，以苗蚜危害最重。苗蚜一般在4月下旬至5月上旬棉苗出土时从越冬寄主大量迁移到棉苗上，以5月中旬至6月中上旬发生最重，一年可繁殖2030代，常造成棉苗形成“龙头”和卷缩。蕾铃期主要害虫有棉铃虫、红铃虫、棉盲蝽、棉蚜、玉米媒、美洲斑潜蝇、棉萷马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、棉蓟马、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。随着抗虫棉的推广和应用，棉盲蝽逐步演替为棉花蕾铃期的主要害虫。棉盲蝽一般在6月中旬至7月上旬虫口密度最高，以成、若虫刺吸棉株幼嫩组织和繁殖器官造成“破叶疯”，严重影响棉花开花结铃。棉花主要病害有根腐病、立枯病、炭疽病、枯萎病、黄萎病、红腐病、叶斑病。
