【病原】该病是由一种世界性分布真菌侵染为害（病原菌为座菌目的葡萄座腔菌）。
【防治方法】（1）园地选择，根据几处发病圆地调查，多发生在土壤沾重有机质量含量低的且易积水的低洼处，园地原植被作物均是圆毛草。因此在园地选择是要避开。
（2）药剂防治：根据试验，以株施0.5斤一1斤70％托布津或50％多菌灵防治效果好，具体方法是，杨梅树下翻松土壤，深度15一30厘米，范围为根颈至树冠滴水线下，将药剂均匀地撒施在松土上，然后再翻覆土壤。
（3）杨梅根腐病是由根部感染发病，再引起地上部症状出现，一旦地上部症状出现（青枯）已属重病树，根据试验，重病树施药无防治效果，病情中等的有较好防治效果，轻病树的防治效果很理想。因此要根据土壤类型和树龄情况，勤检查，发现病株早防治，并以防为主，治早、治好、减少损失。