根腐病由一种称腐皮镰孢菌的真菌引起，多发生在定植后的营养生长期。起初辣椒苗下部叶片萎蔫，逐步向上部叶片发展，一般白天萎蔫而傍晚至次晨恢复，反复多日后整株枯死。枯死的病株常见叶片卷曲、不脱落，与甜椒和辣椒枯萎病有显著区别。根茎部及根部皮层呈淡褐色至深褐色腐烂，极易剥离，露出暗色的木质部。病部一般仅局限于根及根茎部，病死的椒苗很易拔起。
该病菌以厚垣孢子、菌核或菌丝体在土壤中越冬，有较强的腐生性，在土壤和病残体有机质中可存活数年，是初侵染的主要来源。病菌随雨水和灌溉水传播蔓延，施用未腐熟透的有机土杂肥也容易带菌传播。甜椒育苗期较长，而且根系较浅，在高温多雨，土壤过湿或土温过高，移苗伤根，以及管理不当造成土壤板结，影响根系发育等情况下都会加重该病害的发生。
防治方法：1.精心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根。2.施用完全腐熟的有机肥作基肥。3.定植后如遇太阳曝晒的天气，应使用干草等材料覆盖地面以防土温过高，并少量多次浇水以保持根区湿度和温度相对稳定，促进根系早生快发。4.发病初期可以选用药剂灌根或喷淋，枯萎灵(30%可湿性粉)500倍液；或多菌灵(50%可湿性粉)500倍液。隔7--10天一次，连续用药2--3次。
