按营养物质的来源分类，根据食用菌培养基的原料来源分为天然培养基、半合成培养基和合成培养基。
1.天然培养基：是指用化学成分不确定或化学成分不恒定的天然有机物配制而成的培养基。各种农村产品及其下脚料如小麦、大豆、玉米粉、麸皮、米糠、豆饼、作物秸秆、木屑、棉籽壳、甘蔗渣等，以及动植物组织的浸出液——牛肉膏、肉汤、麦芽汁、豆芽汁等都可以用来配制天然培养基，这种培养基来源广，成本低，营养丰富，适合于在生产中使用。常用的培养基有马铃薯琼脂培养基、木屑棉籽壳培养基和堆肥培养基等。
2.半合成培养基：为了在食用菌制种和栽培中，加速菌丝的生长发育，常在天然培养基中添加适量的无机盐类，用这种方法配制而成的培养基称为半合成培养基，这类培养基种类繁多，应用广泛，也是生产菌种和实际栽培中最常用的培养基。
3.合成培养基：是指采用已知化学成分及数量的有机物或无机化学药品配制成的培养基。这类培养基含量的组成明确，价格较贵，一般用于在实验室范围内做有关营养、代谢、菌种鉴定等关于食用菌的生理生化研究。
