芹菜营养生长盛期养分吸收量高，此期对氮、磷、钾、镁、钙五要素的吸收量占总吸收量的84%以上。芹菜需氮量最高，钙、钾次之，磷、镁最少。芹菜对硼的需要量也很大，在缺硼的土壤或由于干旱低温抑制吸收时，叶柄易横裂，即茎折病，严重影响产量和品质。
中等肥力水平下，芹菜全生育期每亩施肥量为农家肥2500--3000千克（或商品有机肥350--400千克），氮肥13--16千克、磷肥5--6千克、钾肥6--9千克，氮、钾肥分基肥和三次追肥，施肥比例2∶3∶3∶2,磷肥全部作基肥，化肥和农家肥（或商品有机肥）混合施用。
基肥上，每亩施用农家肥2500--3000千克或商品有机肥350--400千克，尿素4--5千克、磷酸二铵11--13千克、硫酸钾4--5千克。
在缓苗后追肥，心叶生长期亩施尿素6--8千克，硫酸钾3--4千克;旺盛生长前期亩施尿素8--11千克、硫酸钾3--5千克;旺盛生长中期亩施尿素6--8千克，硫酸钾3--4千克。