韭菜菌核病主要危害叶片、叶鞘和假茎。病菌主要以菌核随病残体遗落在土中越冬，借助灌溉水和雨水溅射传播，菌核萌发菌丝进行初侵染，田间病害蔓延主要通过菌丝的攀援和接触传染；发病初期患病部变褐、湿腐状，终致植株枯死。
防治措施：
1、因地制宜选育和终止抗虫品种，并与非寄主植物实行轮作，定植大田应选择肥沃、有机质较足的田块，定植前应浇透水、施足基肥，每亩施充分腐熟的羊棚灰等农家肥3000公斤、25%复合肥30公斤，并在地表喷施消毒药剂加新高脂膜800倍液对土壤进行消毒处理。
2、合理密植，管理好肥水，注意整治植地排灌系统，防止植地积水和受涝；合理密植；勤施薄施肥料，避免过施偏施氮肥；定期喷施富含微肥的叶面营养剂加新高脂膜，促植株稳生稳长，缩短割韭周期，改善株间通透性，有助于减轻发病，同时在适时喷施壮茎灵，可使植物杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。
3、及时喷药，预防控病，于每次割韭后至新株抽生期开始喷药预防。可根据植保要求喷施75%百菌清可湿性粉剂800倍液、50%菌核剂可湿粉等针对性药剂2～3次或更多，隔7～15天1次，交替施用，前密后疏，着重喷植株基部及地际部；同时配合喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。