大棚芹菜营养生长旺盛期是形成产量的关键时期，所以蹲苗结束后要集中肥水，促进植株营养生长，一般蹲苗后立即追施速效氮肥，以后分期追施2—3次，特别注意要追施一定量的钾肥，因芹菜是喜钾蔬菜，隔3—4天浇一次水、但水量少些，以免地温过低不利于叶柄肥大。采收前半月左右，全株可喷施30—50ppm的赤霉素1—2次，增产效果更好。
芹菜缺氮：表现出叶片细小、叶柄易发生空心与老化。前期缺磷，后期缺钾都对芹菜的产量和品质影响较大，前后期可分别喷施磷、钾液肥。另外芹菜对硼肥的反应非常敏感，缺硼时叶柄上出现纵裂，并且裂纹变黑，可定植时每亩施用0.5—0.75公斤硼砂或者生长期间喷洒植株进行防治。
芹菜营养生长期是斑枯病、叶斑病等真菌病害和软腐病等细菌性病害的易发生期，对病害的防治注意从管理上主要是降温排湿，白天控温15—20°C，高于20°C及时防风；夜间控制在10—15°C，缩小日夜温差，减少结露；切忌大水漫灌。及时检查病斑病叶，一旦发现立即摘除。
芹菜叶斑病：又称早疫病，主要危害叶片，病叶上初呈黄绿色水渍状斑，后发展为圆形活不规则形，病斑灰褐色，边缘色稍深不明晰，严重时病斑扩大汇合成斑块，终致叶片枯死。有时也危害叶柄，病斑灰褐色，稍凹陷，一旦发病摘除病叶后及时用达克宁600倍喷洒植株，间隔7—10天一遍，连喷2—3遍。
芹菜斑枯病：多危害叶柄，并且多和叶斑病一起发生，一般是老叶先发病，然后传染到新叶，病斑初呈浅褐色小班，后逐渐扩展，中央开始坏死，后期扩展成大斑，多散生，边缘明显，外缘深褐色，中央褐色，散生黑色小粒点，叶柄染病呈长圆形凹陷病斑，发病后要及时摘除病叶，用达克宁600倍喷植株防治，连喷2遍。