如果辣椒茎基部靠近地面部位出现水浸状腐烂，地上部叶片自下而上出现变黄、大量脱落，最后全株枯死的，则是真菌性（镰孢霉半知菌亚门真菌）土传枯萎病病害所致。该病原菌是通过灌溉水从茎基部或根部伤口、根毛入侵，进入维管束，堵塞导管而最终致植株死亡。
偏施氮肥、田间积水、植前土壤未进行消毒杀菌，或前茬种植过茄果类作物则容易发病。其预防可从定植前对土壤杀菌，如使用60%多菌灵·福美双可湿性粉剂800倍液淋土后，用农用薄膜覆盖开孔播种或定植；在苗期，可用上述杀菌剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液喷茎基部；发病初期交替用70%甲基硫菌灵，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂400倍液，或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液等，每隔约7天喷病部及淋根，每株约灌药液0.5升，交替用药3-4次。而炭疽病是一种弱寄生性真菌性病害（剌盘孢半知菌亚门真菌）。
植株生长势弱、光照通风程度差、偏施氮肥、湿度大，气温适宜（12-33℃）容易发病。发病初期，可用25%咪鲜安乳油1000倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或75%百菌清加70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液混合喷茎叶，每隔约7天交替用药3-4次。如果植株中枯萎病及炭疽病一齐发生，则用防枯萎病的杀菌剂淋根及喷茎、叶，对炭疽病也有较高的防效。疫病是一种细菌性病害，如果病发部位在茎部，其病部虽然也会出现变褐软腐，但病害不会造成维管束变色。并且，疫病一般发生在较高温度的季节（25-30℃以上），但上述杀菌剂中如琥胶肥酸铜、氢氧化铜均对细菌性的病原菌有较高的预治效果。