在水稻生长发育时，若缺少某种营养元素，作物体内的新陈代谢就会受到阻碍和破坏，使根、茎、叶、花和籽实等发生特有的症状。具体表现如下：
缺氮时，植株矮小，分蘖少，叶片小而直立，叶色黄绿，茎秆短细，穗小粒少，不实率高。
缺磷时，常在生育前期形成“僵苗”，表现为生长缓慢，不分蘖或延迟分蘖，秧苗细弱不发棵。叶色暗绿或灰绿带紫色，叶形狭长，叶片小，叶身稍呈环状卷曲。老根变黄，新根少而纤细，严重时变黑腐烂。成熟期不一致，穗小粒少，千粒重低，空壳率高。
缺钾时，常在叶片上出现褐斑。一般在分蘖以后，老叶尖端先出现烟状褐色小点，并沿叶缘呈镶嵌状焦枯。分蘖盛期，褐点发展成褐斑，形状不规则，而边缘分界清晰，常以条状或块状分布于叶脉间。褐斑不断由老叶向邻近新叶发展，严重缺钾时褐斑连片，整张叶片发红枯死，犹如灼烧状。
缺锌时，秧苗生长停滞，不分蘖，老叶背面中部出现褐色斑块，叶脉变白，严重时叶鞘也变白。