实行与非茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。及时清洁田园，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋。培育壮苗，适时定植，合理密植。雨季及时排水，尤其下水头不要积水。保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。及时喷洒杀虫剂防治烟青虫、棉铃虫等蛀果害虫。
辣椒软腐病防治方法：轮作与非茄科及十字花科蔬菜进行3年以上轮作，培育壮苗，适时定植，合理密植，注意通风，进行地膜覆盖，雨后及时排除田间积水，降低空气湿度。及时摘除病果拿出田外深埋，减少田间的再侵染源。防虫可用2.5%功夫乳油5000倍液、4.5%高效氯氰菊酯3000~3500倍液、2.5%溴氰菊酯2000倍液、20%氰戊菊酯2000倍液等药剂任选一种喷雾。防病初发病害与雨后选用50%DT杀菌剂500倍液或72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液任选一种喷雾。雨前雨后及时喷药，可用72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，新植霉4000倍液，50%琥珀酸铜可湿性粉剂500倍液，47%加瑞农可湿性粉剂600倍液。另外，及时喷洒杀虫剂防治烟青虫、棉铃虫等蛀果害虫，可用1.8%阿维菌素2000—3000倍液或菊酯类农药1500倍液。
防治辣椒软腐病害可以避免重茬种植，实行与豆类蔬菜或水稻等轮作，避免与茄科或十字花科作物轮作；同时加强田间管理，深翻土，合理密植，下雨后及时排水，加强通风透光，及时摘除病果带出田外，深埋或烧毁。