青霉、黄曲霉、木霉、轮枝霉、疣孢霉、鬼伞等；菌丝或鲜子实体受到线虫、蛞蝓，干菇储藏期的谷蛾、谷盗等侵害。
蘑菇病虫害防治是用巴氏消毒法灭菌处理虫害的一种方法。
主要有病毒病、木霉、曲霉、褐斑病、腐烂病、螨类、菇蚊、菇蝇等。
病斑型以褐斑病为主，子实体表面有白色的毛状菌丝。同时着生褐色小斑点，受其影响，蘑菇顶盖上出现萎缩，个别的蘑菇盖部干裂；还有的以锈斑为主，蘑菇柄、菇盖上出现铁锈色的斑点，主要原因是棚内湿度过大，通风不良。
虫害主要有菇蚊、菇瘿、跳虫、螨类、线虫类等，病害主要有褐腐病、枯萎病、畸形菇病、猝倒病等。