水稻恶苗病病原是带菌种子和病稻草的初侵染源。在浸种时，带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染，引起苗枯，死亡后产生分生孢子传播到健康苗上，引起再次侵染，在定植后可扩展到整株，造成秕谷或畸形，在颖片合缝处产生淡红色粉霉。
病谷粒播后常不发芽或不能出土。苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物，即病原菌的分生孢子。
水稻恶苗病应该早防治，在苗期一定控制好，病苗表现瘦高不发头。
剥开叶鞘，可见茎上有暗褐色的条斑。剖开病茎，可见内部有白色蛛丝状的菌丝，以后茎秆逐渐腐朽，叶片枯死，在病死株的叶鞘和茎秆上生有淡红色或白色粉状物、后期散生或群生蓝黑色小粒(子囊壳)。
苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物，即病原菌的分生孢子。湿度大时，枯死病株表面长满淡褐色或白色粉霉状物，后期生黑色小点即病菌囊壳。病轻的提早抽穗，穗形小而不实。抽穗期谷粒也可受害，严重的变褐，不能结实，颖壳夹缝处生淡红色霉，病轻不表现症状，但内部已有菌丝潜伏。